Nhà thờ được xây dựng theo lệnh của Suleiman I và được thiết kế bởi kiến ​​trúc sư hoàng gia Mimar Sinan. Chữ khắc bằng tiếng Ả Rập phía trên cổng phía bắc của nhà thờ Hồi giáo được khắc theo kịch bản Thuluth trên ba tấm đá cẩm thạch. Nó đưa ra một năm xây dựng là 1550 và khánh thành vào năm 1557. Trong thực tế, quy hoạch của nhà thờ Hồi giáo bắt đầu từ trước năm 1550 và các phần của khu phức hợp không được hoàn thành cho đến sau năm 1557.[3]

Thiết kế của nhà thờ này thể hiện Suleiman như là một "Solomon thứ hai". Nó được ví với Mái vòm Đá được xây dựng trên Đền thờ Solomon ở Jerusalem hay như sự kiêu hãnh của Justinianus I khi hoàn thành Hagia Sophia: "Solomon, ta đã vượt qua ngươi!".[4] Sự tráng lệ của nó tương tự với cấu trúc được xây dựng trước đó, tuy nhiên có kích thước nhỏ hơn so với nguyên mẫu cũ của nó, Hagia Sophia.

Süleymaniye bị hư hại trong trận hỏa hoạn lớn năm 1660 và được phục hồi bởi sultan Mehmed IV.[5] Một phần của mái vòm sụp đổ trong trận động đất năm 1766. Sửa chữa sau đó đã làm hỏng những gì còn sót lại trang trí ban đầu của Sinan (lần dọn dẹp gần đây cho thấy Sinan đã thử nghiệm đầu tiên với màu xanh, trước khi biến màu đỏ thành màu chủ đạo của mái vòm).[6]

Trong Chiến tranh thế giới lần thứ nhất, sân nhà thờ được sử dụng làm kho vũ khí, và khi một số đạn dược được kích nổ, nhà thờ Hồi giáo phải gánh chịu một trận hỏa hoạn khác. Trong Chiến tranh thế giới lần thứ hai, một vũ khí bốc cháy trong nhà kho nhà thờ khiến nhà thờ lại bị cháy. Lần này nhà thờ Hồi giáo bị thiêu rụi và đồ trang trí của Mimar Sinan gần như biến mất. Mãi đến năm 1956, nó mới được khôi phục hoàn toàn. Việc xây dựng Cầu tàu điện ngầm Golden Horn vào năm 2013 đã làm thay đổi cảnh của nhà thờ Hồi giáo từ phía bắc.[7] Nhà thờ là một phần của Khu vực lịch sử của Istanbul được UNESCO công nhận là Di sản thế giới từ năm 1985.